Adam Herridge, productmanager bij Primerdesign, praat met rapidmicrobiology.com over hoe zijn team reageerde op de groeiende nieuwe coronavirus-epidemie en de genesig 2019-nCoV qPCR-kit snel afleverde. Het was de eerste diagnosekit die in Europa werd gemaakt met een specificiteit van 100%, het biedt een uitstekende prijs-kwaliteitverhouding en is voordelig voor scenario's met weinig middelen en in het veld.
Vraag: Primerdesign heeft deze kit snel op de markt gebracht - is het recordtijd? Wanneer ben je eraan begonnen?
A: Primerdesign was het eerste Europese bedrijf voor medische diagnostiek dat een in de handel verkrijgbare moleculaire detectiekit speciaal voor 2019-nCoV produceerde. De ontwikkeling van de kit begon zodra bleek dat het virus zich verspreidde en een wereldwijde bedreiging voor de gezondheid werd; het team slaagde erin om een ??kit binnen twee weken te ontwikkelen en te optimaliseren.
Vraag: Welke technologie gebruikt de kit en welke monsters zijn geschikt?
A: De genesig 2019-nCoV maakt gebruik van qPCR (kwantitatieve polymerasekettingreactie) via probesplitsing in Taqman-stijl om een ??fluorescent signaal te genereren in aanwezigheid van en detectie voor deze nieuwe Coronavirus-stam. Elke hoogwaardige nucleïnezuurextractie is een geschikt monster voor de test. In dit geval gebruiken samplers meestal een nasofaryngeaal uitstrijkje
Vraag: Welke andere instrumenten / apparatuur is nodig?
A: Er is eerst een nucleïnezuurextractieset nodig om het patiëntmonster te bereiden. Dit kan een handmatig of geautomatiseerd proces zijn, waarbij het monster moet worden gelyseerd en gezuiverd, zodat het gereed is voor testen. Nadat de extractie is voltooid, wordt het monster samen met onze reagentia op een qPCR-instrument geladen, dat de nucleïnezuren versterkt en de gegevens interpreteert om de gebruiker een resultaat te bieden
Vraag: Voor welk soort lab / toepassingen is het bedoeld?
A: De kit is zo ontworpen dat elk moleculair lab met de mogelijkheid om qPCR uit te voeren onze test kan gebruiken. Onze reagentia, inclusief de mastermix, zijn gevriesdroogd. Dit betekent dat verzending en opslag bij omgevingstemperatuur mogelijk zijn. Dit maakt transport naar tropische klimaten mogelijk en maakt koeling overbodig. Dit heeft als bijkomend voordeel dat testen in veldlaboratoria en andere instellingen met weinig middelen kunnen worden uitgevoerd, wat anders misschien niet mogelijk was geweest. Zodra het monster klaar is voor testen, gebruikt de gebruiker een qPCR-instrument
Vraag: Hoe kunnen labs vertrouwen hebben in de resultaten?
A: Met onze geavanceerde indeling wordt de gebruiker voorzien van een positieve controle, een interne extractiecontrole, een endogene controle en zuivere H2O. De positieve controle wordt gebruikt om aan te tonen dat een succesvolle PCR heeft plaatsgevonden en voor kwantificering van een monster. Een interne extractiebesturing wordt gebruikt in de monsterconfiguratie en qPCR, waardoor een individu vervolgens kan vertrouwen op een extractie van hoge kwaliteit. De endogene controle wordt gebruikt om de aanwezigheid van voldoende en geschikte monsterinvoer aan te tonen (bijv. Het uitstrijkje had de juiste hoeveelheid monster erop). En de pure H2O wordt gebruikt om een ??zeker negatief monster te bieden, zodat een individu er zeker van kan zijn dat zijn positieven echte positieven zijn.
Vraag: Hoe verhoudt deze kit zich tot andere die recentelijk ook zijn verschenen?
A: De Primerdesign 2019n-CoV-kit is speciaal ontworpen voor de Wuhan-specifieke soort, niet voor bijbehorende soorten. Het vertoont 100% homologie met de genomen van deze stam waarvan tot nu toe de sequentie is bepaald in het publieke domein. Dit omvat wereldwijde soorten, evenals China. We hebben uitgebreide bio-informatica-analyses uitgevoerd om inclusiviteits- en exclusiviteitsparameters te bevestigen die hebben aangetoond dat de Primerdesign-kit specifieker is dan alternatieve kits. De WHO ontwierp bijvoorbeeld hun gepubliceerde test voorafgaand aan het kennen van de 2019-nCoV-sequentie en als zodanig detecteert die test andere coronavirussen, zoals SARS-gerelateerde virussen. We geloven dat onze kit de specificiteit ten opzichte van de Chinese CDC- en US CDC-ontwerpen zal verbeteren, omdat we ons detectieprofiel hebben ontworpen om een ??groter aantal mismatches met gerelateerde soorten te hebben. Dit betekent dat de kit van Primerdesign geen andere soorten detecteert, terwijl andere beschikbare assays dat wel zullen doen, en daarom een ??verminderde specificiteit hebben.
Vraag: Wat gebeurt er als het virus blijft muteren?
A: Virussen hebben inherent een hoge mutatiesnelheid. Als het doelgebied van het virus muteert, kan de specificiteit van de test worden verminderd, wat hetzelfde zou zijn voor elke concurrentset of PCR-test. Om dit te bestrijden, aangezien de sequentiegegevens van nieuw met 2019-nCoV geïnfecteerde patiënten van over de hele wereld worden verzameld en vervolgens gepubliceerd, beoordeelt ons interne bio-informatica-team dit dagelijks om te controleren of onze detectietest homologie heeft met al deze gepubliceerde sequenties, en kan nog steeds alle positieve 2019-nCoV-monsters detecteren.